L'environnement légèrement acide du vagin contribue à maintenir sa fonction autonettoyante-.
La médecine occidentale estime que l'environnement vaginal est souvent instable en raison des produits métaboliques de l'hôte, des produits bactériens et de facteurs exogènes (rapports sexuels, douches vaginales et autres perturbations). La flore vaginale est très complexe et comprend non seulement des protozoaires et des champignons, mais également de nombreuses bactéries aérobies et anaérobies. Ces micro-organismes peuvent être divisés en types commensaux et pathologiques, tous se développant dans un environnement commun, et il peut y avoir des interactions antagonistes entre eux. Un autre facteur affectant leur croissance est la concentration en ions hydrogène. Un pH de 3,8 à 4,2 est propice à la reproduction des bactéries commensales, notamment les lactobacilles, qui sont les bactéries dominantes dans un vagin sain, atteignant une densité de 10⁵ à 10⁸ ml dans le liquide vaginal. Lorsque le vagin est infecté par des micro-organismes, si les lactobacilles sont dominants et que le pH est maintenu entre 3,8 et 4,2, cela ne provoquera pas de maladie. De plus, les lactobacilles peuvent produire du H₂O₂, qui a un effet toxique sur d'autres micro-organismes et inhibe leur reproduction. D'autres bactéries telles que Streptococcus lactis, Enterobacter, Proteus, Gaffkirti et Veillonella se trouvent couramment dans le bas du vagin et ne produisent généralement pas de symptômes. La flore vaginale maintient un équilibre empêchant les bactéries pathologiques d’exercer leur influence. Si cet équilibre est perturbé, la retenue mutuelle disparaît, entraînant une diminution de la concentration en ions hydrogène. Les lactobacilles perdent leur dominance, permettant aux bactéries pathologiques de proliférer et de provoquer des symptômes.
Diverses bactéries pathogènes deviennent pathogènes après avoir été perturbées dans un environnement faiblement acide. La vaginose bactérienne est causée par une diminution des lactobacilles vaginaux et la prolifération d'autres bactéries, principalement Gardnerella vaginalis, diverses bactéries anaérobies et mycoplasmes, entraînant des infections mixtes. La trichomonase est causée par Trichomonas vaginalis, une maladie infectieuse sexuellement transmissible. Les voies de transmission comprennent la transmission directe (par les rapports sexuels ; 75 % du sperme des partenaires atteints de trichomonase peut contenir Trichomonas vaginalis) et la transmission indirecte (par divers ustensiles de bain, piscines, toilettes publiques ou vêtements et instruments contaminés). Dans les enquêtes générales, le taux de détection de Trichomonas vaginalis est de 3,56 %, certaines femmes ne présentant aucun symptôme inflammatoire étant qualifiées de porteuses. La vaginite à Candida est principalement causée par Candida albicans. Ce champignon se trouve également couramment en petites quantités dans un vagin normal et sain, mais ne provoque généralement pas de maladie. Il prolifère et provoque des maladies lorsque la fonction immunitaire de l'organisme est affaiblie ou lorsqu'il existe un déséquilibre de la flore vaginale. Par conséquent, il est plus fréquent chez les femmes enceintes, les femmes diabétiques, celles qui utilisent des immunosuppresseurs et celles qui utilisent des antibiotiques à long terme. Il est également plus susceptible de provoquer une infection dans des environnements chauds et humides. Les statistiques montrent qu'environ 10 % des femmes non enceintes et un tiers des femmes enceintes sont infectées par cette maladie, mais peu d'entre elles consultent un médecin en raison de symptômes évidents. L'incidence des vaginites causées par des non--Candida albicans (comme *Candida glabrata*) est passée de 9,9 % en 1988 à 17,2 % en 1995. Les femmes infectées par le VIH sont deux fois plus susceptibles d'être infectées par des non--Candida albicans par rapport à celles nouvellement infectées ; les femmes atteintes de vaginite à Candida récurrente sont 2,47 fois plus susceptibles d'être infectées par un non--Candida albicans que par un Candida albicans.